本署法醫師業務，依據地方檢察署及其檢察分署處務規程第57條之規定，法醫師承檢察長、主任檢察官及檢察官之命，辦理有關相驗、解剖、檢驗、鑑定等事項。

一、相驗業務

相驗，即藉由檢視屍體，研判死者的死亡原因與死亡方式，並發給相驗屍體證明書，提供家屬辦理後事。目前台灣相驗可分為行政相驗與司法相驗兩種模式：

1. 行政相驗：適用對象為自然死亡或疾病死亡之死者，死者家屬可向當地衛生所申請，與衛生所醫師約定時間前往屍體停放地點進行相驗，並開立證明書。行政相驗需掛號費5元、行政相驗費600元（含3張死亡證明書）、加開證明書每張5元。
2. 司法相驗：適用對象為意外死亡、自殺、他殺、死亡方式不明之死者，死者家屬可向當地派出所申請相驗，需製作筆錄後，由地方檢察署檢察官與法醫師前往屍體停放地點進行相驗，並於相驗後在現場開立相驗屍體證明書。司法相驗開立證明書，目前不需收取任何費用。

二、行政相驗與司法相驗比較

三、解剖業務

在相驗過程中檢視屍體無法判定死者之死亡原因或死亡方式時，必須進一步藉由檢驗屍體內部器官、進行檢體化驗等方式，判斷確切死亡方式與死亡原因。
由於解剖過程中採檢之檢體需要檢驗時間與解剖報告書製作，一般需要鑑定時間為3個月，並另行簽發註明死因之相驗屍體證明書提供家屬使用。屍體解剖完畢當日，本署會立即開立註明解剖鑑定中之相驗屍體證明書，讓家屬可以先處理遺體殮葬。

四、相驗屍體證明書製作

本署於相驗完畢後，發給相驗屍體證明書10張。相驗屍體證明書等同於死亡證明書，可以用於死者遺體斂葬、向戶政機關辦理死亡登記。