本署隸屬臺灣高等檢察署，主要職掌為實施偵查、提起公訴、實行公訴、協助自訴、擔當自訴、指揮刑事裁判之執行及其他法令所定職務之執行外，並須協助解決國家賠償事件、參與民事事件，督導鄉鎮調解業務、視察監所業務、宣導法律常識及查察選舉工作等。 本署置檢察長一人、主任檢察官、檢察官、檢察事務官、法醫師（檢驗員）各若干人，設書記處、觀護人室、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室等一級單位，書記處之下並設紀錄、執行、文書、研究考核、總務等五科及法警室。此外，本署檢察長並依法監督矯正署嘉義看守所及矯正署嘉義少年觀護所。